بنای اولیه مرکز آموزشی درمانی شهید مصطفی خمینی(ره) ایلام در زمان طاغوت برای هتل ایرانگردی ساخته شده بود . در سال 1369 توسط مرکز پزشکی بنیاد شهید با تغییرات کلی بیمارستان امام خمینی ( ره ) ، احداث شد . در سال 1374 ضمن تغییر نام به بیمارستان شهید مصطفی خمینی ( ره ) با تجهیزات و پرسنل تحویل دانشگاه علوم پزشکی داده شد . در سال 1382 الی 1383 آن را با تغییرات کلی تعمیر نمودند . این بیمارستان در حال حاضر دارای 200 تخت مصوب و 199 تخت فعال می باشد .